Fluorescentne boje su spojevi s posebnim strukturama, a njihove strukturne značajke uglavnom uključuju sljedeće tri točke:
(1) Molekula sadrži fluorescentnu skupinu koja emitira, kao što su karbonska skupina, dvostruka veza dušika i dušika, dvostruka veza ugljika i dušika itd.
(2) Molekula sadrži skupine auxochroma. Skupina auxochrome čini spektar crvenim pomakom i povećava učinkovitost fluorescencije, kao što su primarna amino grupa, sekundarna amino grupa, hidroksilna skupina, veza etera, usred grupe i tako dalje.
(3) Molekula sadrži konjugirane π s krutom planarnom strukturom. Što je veći intramolekularni konjugirani sustav, to je planarnost jača, to je veći intenzitet fluorescence. Neki čimbenici koji mogu poboljšati stupanj konjugacije mogu povećati učinkovitost fluorescencije i pomaknuti valnu duljinu fluorescence u smjeru dugog vala.
